A 16 éves Jacob a nyomokat követve egy rejtélyes szigetre kerül, ahol felfedezi Miss Peregrine iskolájának romjait. Ahogy a fiú bejárja az elhagyatott épület folyosóit és hálótermeit, rádöbben, hogy az épület előző lakói különleges képességekkel rendelkeztek. És talán még mindig életben vannak...