En 2065, au lendemain d'une guerre nucléaire dévastatrice, l'équipage du Pegasus est à la recherche d'un nouveau foyer pour l'humanité. Alors qu'ils approchent de leur nouveau monde potentiel, la découverte d'un autre vaisseau pourrait être la clé de leur salut, ou les condamner ainsi que le reste de l'humanité à l'extinction.